Poi a poco a poco il convento fu trascurato tanto che all'indomani dell'unità d'Italia (1861) e della presa di Roma (1870, divenendo capitale del Regno) giunse ad un degrado veramente preoccupante. Fu il provvidenziale intervento nel 1893 di mons. Benedetto Spila a porvi fine. Dopo averlo acquistato, provvide a riportarlo all'antico stato chiamando persino Lodovico Grillotti, un pittore romano, per dipingere le venticinque lunette site sulle pareti del chiostro. Quindi il convento fu restituito ai Frati Minori. Fortunatamente nel corso dei restauri, fatti nel 1939, i massicci cambiamenti settecenteschi furono azzerati e la chiesa ritornò all'aspetto originario. All'inizio del XXI sec il convento è stato chiuso dall'Ordine Provinciale di Roma come è capitato per molti altri conventi (causa il diminuito numero di vocazioni). Oggi sono le Suore Francescane a prendersene cura.
Affreschi della chiesa
Attualmente la chiesa dello stile originario romanico mantiene la facciata esterna realizzata utilizzando pietra locale mentre un diverso discorso si può fare per l'interno di cui abbiamo dato ampie anticipazioni riferendo alcuni stralci del "Viaggio pittorico..." del Gori.
Qui infatti nella navata centrale l'architettura originaria fu cambiata con la realizzazione nel Cinquecento di tre cappelle sulla sinistra. Bellissima e di grande valore artistico è la terza in cui sono conservati preziosissimi affreschi di Giannantonio Bazzi (il Sodoma) la cui pittura subì gli influssi dei grandi pittori come Raffaello e Michelangelo.
Ancora a pagina 198 e 199 si legge " Il Cenobio e la Chiesa fu eretta dal Comune di Subiaco nel 1327. Il coro e forse anche gli altari con colonne di noce ed egregiamente intagliati furono lavoro di un Reatino nel 1504. Sono degni della visita di ogni colto Viaggiatore i Dipinti della Cappella Sublacense Mancini, ai quali è stato tolto il bianco passatovi sopra vandalicamente. Si ammirino nella volta gli Evangelisti non che la maestosa figura del Redentore. Nel muro a destra è ritratta la Crocifissione di N.S. Alla presenza de' Santi Benedetto e Francesco. Nella parte opposta sta per entrare nella Casa di S.Anna una Donna con in testa un canestro, mentre nella Camera contigua oltre la mensa imbandita scorgesi un gatto col sorcio tra i denti."
Il Gori continua ancora ad annotare "Nella stanza nuziale poi una donna monda la nata Bambina, e alla madre sedente sul letto una vecchia presenta il brodo e una scodella. Indi alla presenza del sommo Sacerdote assiso in trono e vestito da Papa, la Vergine impalma suo sposo Giuseppe.". Secondo il Gori il pittore, artefice di tali dipinti, ebbe come modelli alcuni degli abitanti sublacensi del XVI sec. Quindi il Gori lamenta che l'umidità ha in parte deteriorato la fascia dei chiaroscuri "corrente al pie' della parete delle imbiancature" e conclude il discorso consigliando di tener " maggio cura" della tavola sull'altare in cui sono ritratti il Presepe e la venuta dei Magi. "Pure nella cappella seguente del Crocifisso sono affreschi del medesimo stile liberati anch'essi dalla calce".
L'interno della chiesa è quindi palesemente asimmetrico essendo le cappelle situate solo sul lato sinistro in quanto non fu possibile realizzare un simile ampliamento sul lato destro se non abbattendo il chiostro confinante cosa fortunatamente non avvenuta. Il chiostro infatti conserva tuttora l'architettura romanica originaria a forma quadrata; belli gli affreschi delle venticinque citate lunette (opera del Grillotti) ispirati tutti alla vita di S.Francesco ed a quella di altri Santi francescani.
Sempre nel chiostro si conserva una colonna centrale proveniente dalla Villa
sublacense neroniana.
Riassumendo quindi possiamo dire che la chiesa di S.Francesco merita veramente di essere visitata essendo ricca di decorazioni e conservando varie opere. Vi invitiamo quindi ad ammirare il trittico di Antoniazzo Romano (1467), raffigurante la Madonna col Bambino ed i Santi Francesco d'Assisi ed Antonio da Padova; la Natività forse del Pinturicchio; lo Sposalizio della Vergine di Giulio Romano; il coro in legno molto ben intagliato del 1500; il Crocifisso opera del frate Stefano da Piazza Armerina eseguito nel XVII sec.
