Nel
1539, sotto il pontificato di Paolo III, che trascorreva le
vacanze estive nella Rocca Pia come faceva abitualmente ogni
anno, fu approvata a Tivoli la Regola della Compagnia di S.Ignazio
di Lojola e grazie a quest'ultimo si giunse alla pace tra
il Senato romano e la città bagnata dall'Aniene.
Il 9 settembre 1550 entrò per la prima volta a Tivoli,
mentre le artiglierie della Rocca Pia sparavano a salve, il
Cardinale
Ippolito d'Este che, innamoratosi della città,
si affidò a Pirro Ligorio per farsi edificare nella
splendida Valle Gaudente la sontuosa Villa
estense; nel marzo del 1555 morì Giulio III (Giovan
Maria de' Ciocchi del Monte) e per sole tre settimane, poiché
poi scomparve, divenne papa Marcello II (Marcello Cervini)
mentre Ippolito d'Este, caduto in disgrazia ed accusato di
simonia, fu esiliato a Ferrara per quattro anni.
Terminata
la costruzione della Villa, il Cardinale ebbe con Pio
V un'altra contesa che mise fine alla sua carriera politica.
Nel settembre del 1572 Gregorio XIII visitò il
Cardinale nella sua Villa tiburtina, che qui morì
il 2 dicembre 1572 lasciando espresso il desiderio di
essere sepolto nella attigua chiesa
di S.Maria Maggiore mentre subentrava come erede della
Villa il nipote Cardinale Luigi ultimandone i lavori.
Gli
ultimi anni del XVI sec. anche per Tivoli furono anni di cattivi
raccolti tanto che nel 1592 la Sagra Congregazione del Concilio
definì lo stato della città "miserando".
Encomiabile fu invece in questo secolo l'attività religiosa
ed assistenziale. Nel 1512 fu riorganizzata la Confraternita
dell'Annunziata; alla fine del XVI sec. erano ancora funzionanti
tre ospizi ( quello della Madonna del Ponte, quello dell'Annunziata
e quello di S.Giovanni
Evangelista) a cui si aggiunse quello di S.Nicola nel
quale trovavano posto i bambini abbandonati ("expositi").
Accanto all'ospizio di S.Giovanni Evangelista, nel palazzo
Cianti ancora esistente, trovò posto anche un Monte
di Pietà ed un Monte frumentario gestiti dalla omonima
confraternita.