Il papa Adriano I, non spaventato dalla nuova alluvione del Tevere del 791, fece eseguire a Roma grandi lavori di restauro. Egli restaurò le mura urbane e le torri di difesa ormai in rovina chiamando a contribuire al lavoro tutte le città della Tuscia e della Campania, insieme al popolo romano e al distretto di Roma, assegnando a ciascun gruppo di cittadini un tratto di mura da restaurare e pagandoli con il tesoro apostolico. "Ipse vero Deo protectus praesul conspiciensmuros huius civitatis Romanae per olitana tempora in ruinis positos et per loca plures turres usque ad terram eversas, per suum sollertissimum studium totas civitates tam Tusciae quamque Campaniae congregans, una cum populo Romano eiusque suburbanis necnon et tota ecclesiastica patrimonia omnibus per pedicas dividens cum sumptis dapibusque apostolicis, totam urbem in circuitu restaurans renovavit ac decoravit" (Liber Pontificalis, I, 513, relativo all'anno 790.).
I marmi degli edifici in rovina dell'antica Roma fornirono anche allora materiale e calce. Tra i vari acquedotti che restaurò vi furono quelli della Claudia e della Forma Iobia o Iovia, che era una diramazione della Marcia, il che mostrerebbe come anche quest'acquedotto conducesse ancora l'acqua a Roma. L'acquedotto della Claudia che occorreva fra l'altro ad alimentare il battistero costantiniano (dove verrà battezzato nel 774 il futuro imperatore Carlo Magno) e il bagno dei pellegrini in S. Giovanni in Laterano e che era stato tagliato dai Goti e dai Longobardi, dovette essere restaurato nella parte superiore dai tiburtini, e ciò farebbe ritenere giusta l'osservazione dello storico del XVI secolo Marco Antonio Nicodemi che Tivoli, per beneficio del papa Adriano tornasse, come Roma a provvedersi di acqua potabile. "Ed era naturale che con vivo entusiasmo le popolazioni del nuovo stato pontificio si dessero ad opere di riassetto e di agricoltura. Il nuovo stato di cose era il risveglio vigoroso e promettente da un lungo periodo di decadimento e di abbandono. Si richiedevano grandi opere di bonifica nell'agro romano, ridotto a desolante squallore, e Adriano le compié". (Vincenzo Pacifici).
D'altronde i condotti della parte superiore dell'Aniene non dovevano trovarsi in quelle condizioni di deperimento in cui si trovavano gli altri della campagna romana, tagliati con furia frequente dalla strategia delle orde barbariche. Si può ragionevolmente credere che qualcuno dei vecchi canali abbia sempre continuato a condurre l'acqua fino a Tivoli.
L'Acqua Marcia attraversava infatti il Fosso d'Empiglione con una serie di archi in opus quadratum di tufo. Di essi resta solo l'ultimo sulla riva sinistra del fosso, sotto il quale passa come in antico, la via moderna, già a senso alternato per il traffico veicolare, vera croce di tutti gli automobilisti, fino al 22 dicembre 2018 quando è stato inaugurato il nuovo Ponte degli Arci, detto anche Ponte degli Acquedotti, che ha permesso di risolvere l'annoso problema.