I lavori iniziarono per la sua costruzione nel 1568 e terminarono nel 1611 sotto il Cardinale Alessandro d'Este. Essa è chiaramente di gusto barocco molto lontana quindi dal gusto rinascimentale del resto della Villa. Dal punto di vista architettonico nella parte alta un edificio piuttosto alto e con linee e decorazioni decisamente barocche; sul lato anteriore ci sono una balaustra di colonnine ed una vasca ovale immediatamente al di sotto di essa. Inizialmente nella nicchia centrale dell'edificio doveva trovare posto la statua della Fortuna o Dea della Natura, poi il progetto fu modificato ed essa fu posta nella parte pianeggiante del giardino murata nel muro di cinta non lontano dall'ingresso originale della Villa cioè nella parte meridionale.
Nelle due nicchie laterali e più piccole furono collocate altre due statue: Apollo e Diana, successivamente sostituita quest'ultima dalla statua di Orfeo. Il Cardinale Alessandro decise quindi di far modificare la nicchia centrale e di far costruire al suo posto una specie di piccolo tempio per proteggere l'organo idraulico commissionato al francese Claude Venare.
Questi aveva inventato un congegno in base al quale la caduta dell'acqua determinava l'uscita dell'aria dalle canne mentre in contemporanea un altro congegno abbassava i tasti; la fontana SUONAVA! Fu per quei tempi un prodigio che non finiva di stupire gli ospiti della Villa: lo stesso Papa Gregorio XIII, qui in visita nel 1573, ne rimase affascinato. Numerosi sono stati i tentativi di ripristinare l'organo idraulico da tempo muto e finalmente gli sforzi effettuati durante gli ultimi lavori hanno portato i risultati attesi donando alla Villa tutto il suo fascino primitivo.
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