Le pareti sono totalmente ricoperte da affreschi simulanti arazzi, tendaggi, porte, scorci di paesaggi; ancora più stupefacenti sono le pitture che ornano la volta. Al centro vi campeggia “Il sacrificio di Noé”che dà il nome alla Sala; personificazioni delle Quattro Stagioni nonché allegorie della Temperanza e della Prudenza completano l’affresco della volta. L’intimità di questa Sala è ancora più palese se si pensa che essa permetteva l’accesso al Giardino Segreto. Da questa Sala si passa ad ammirare altre due stanze ubicate ad est; la prima è detta “Sala di Mosé” ( per via dell’affresco della volta in cui è ritratto Mosé nell’atto di far sgorgare acqua e dissetare gli Ebrei fuggiti dall’Egitto), la seconda è invece nota come “Sala di Venere”. Mentre la prima artisticamente si avvicina molto alla “Sala di Noé” essendo stata progettata anch’essa dal Muziano e realizzata dall’Alberti e dagli altri artisti da lui diretti, la seconda è decisamente diversa perché non contiene nessuna decorazione tranne la“ Venere circondata da Amorini” della volta.
In questa Sala, addossata ad una parete era stata costruita una grotta in cui scorreva dell’acqua che si raccoglieva in una vasca; una statua marmorea femminile (Venere) era languidamente adagiata. Essendo nel XIX sec.Villa d’Este passata di proprietà del cardinale von Hohenlohe per sua volontà fu rimossa la statua di Afrodite e la grotta fu dedicata alla Madonna di Lourdes. A questo punto occorre tornare indietro fino alla “Sala di Noé” per riprendere la visita delle stanze situate sul lato del prospetto principale.
Troviamo quindi la “Seconda” e la “Prima Sala Tiburtina”; Cesare Nebbia ed un gruppo di pittori ai suoi ordini le realizzarono nel 1569 ispirandosi ai miti del territorio tiburtino. Nella volta della Seconda Sala Tiburtina campeggia al centro “Il trionfo di Apollo”; belle le personificazioni dei “Tre fiumi tiburtini” mentre situati un po’ in basso sono raffigurati l’Aniene e la Sibilla Tiburtina. Da notare inoltre l’affresco di “Ercole che combatte contro Albio e Bergio” e quelli della “Fontana di Tivoli in costruzione” e di “Vulcano” situati nella Prima Sala Tiburtina, in cui è trattato il tema della leggendaria origine dell’antica e superba Tibur. Senza parole lascia la quantità di affreschi che decorano la volta di cui citiamo per ragioni di spazio solo “Lo sbarco nel Lazio dei tre fratelli Tiburto, Catillo, Coriace”. Su una parete è ritratta poi la decima fatica di Ercole, l’eroe greco considerato dagli Estensi il fondatore della loro Casa e da Ippolito II in special modo un proprio emulo.