Una perla della Riserva è la cosiddetta "Sughereta di Sirividola", un bosco di sughere la cui foglia, stilizzata, è stata usata dagli allievi dell'Istituto Superiore d'Arte di Tivoli per la realizzazione del logo. La Riserva è di particolare interesse anche geologicamente: il substrato è costituito infatti in gran parte da rocce mesozoiche formatesi 100-200 milioni di anni fa, principalmente calcaree ("calcare massiccio") insieme a rocce calcareo-marnose e marne legate all'orogenesi appenninica, con differenziazioni dovute alle modalità di deposizione sui fondali marini. Proprio nelle rocce mesozoiche della Riserva, tra l'altro, sono stati rinvenuti alla fine degli anni Ottanta due nuovi generi di crinoidi (echinodermi, come l'odierno giglio di mare) prima sconosciuti alla scienza.
La presenza di rocce calcaree giustifica la presenza di numerose "calcare", particolari fornaci usate fino a pochi decenni fa per "cuocere" i sassi calcarei e preparare la calce per l'edilizia locale utilizzando lo stesso procedimento seguito dagli antichi Romani.
Collegati alle rocce calcaree e alla loro dissoluzione ad opera delle acque superficiali e sotterranee sono i fenomeni di erosione carsica quali doline e "campi solcati", canalette parallele tra loro e separate da lamelle taglienti, una sorta di profonde rugosità sotto le quali l'acqua superficiale scompare per riemergere più a valle. La Riserva è infatti impreziosita dalla presenza di due piccole sorgenti: Fontana Vecchia e Fonte Bologna.