Berengario, marchese del Friuli, fu proclamato allora re d'Italia e imperatore; la sua incoronazione fu accettata anche da Algeltrude, madre dello scomparso Lamberto. Successivamente, poiché Berengario il 24 settembre 899 subì una pesante sconfitta sul fiume Brenta ad opera degli Ungheri, i feudatari, gli tolsero la fiducia opponendogli il giovane Ludovico di Provenza, detto Lodovico III il cieco.

Valle dell'Empiglione - E.R.Franz

Così il gran lavoro svolto da Giovanni IX fu rimesso totalmente in discussione proprio in seguito, nell'agosto dell' 899, alla predetta invasione degli eserciti ungheri. Berengario tentò di opporsi costituendo un esercito con i feudi di Verona, Modena e Pavia ma proprio sulle rive del Brenta nei pressi di Padova, il suo esercito fu letteralmente sopraffatto dagli invasori che approfittarono sia della morte di Lamberto sia di quella di Arnolfo, avvenuta nel novembre dello stesso anno.

Giovanni si spense nel gennaio dell'anno 900. Alcuni affermano che morì a Ravenna ma è invece più probabile che la morte lo colse a Roma dove fu sepolto nel portico dell'Antica Basilica Vaticana presso la porta Guidonea. L'epitaffio tombale ( riportato in "Gli uomini illustri della città di Tivoli" di mons. G.Cascioli ) mette in luce che convocò tre concili durante il suo pontificato (dei primi due si è precedentemente detto, del terzo non sappiamo dove si tenne e di esso ci viene rivelato solo qualche epitaffio).