Nel 1461 con la costruzione della Rocca Pia, voluta dal nuovo pontefice, Pio II, per mettere un freno alle lotte faziose ed attigua all'anfiteatro di Bleso, a Tivoli si pose fine al periodo comunale e medioevale tiburtino crescendo il potere dello Stato della Chiesa. Nuove pestilenze si abbatterono sulla città tanto che la popolazione scese a 2000 persone. Ad iniziativa del vescovo Angelo Lupi nello statuto tiburtino fu inserita la clausola,confermata poi nel 1486 da Innocenzo III, secondo la quale chi si sarebbe trasferito a Tivoli avrebbe avuto esenzioni e privilegi. La città così cominciò a riprendersi.

Campanile romanico

Il 13 luglio 1495 il papa Alessandro VI (un Borgia) passò per Tivoli diretto a Vicovaro per un congresso con Alfonso II re di Napoli e con Virginio Orsini onde prendere accordi sul come difendere i propri Stati dalla discesa del re di Francia, Carlo VIII. Dietro il tradimento dell'Orsini, che passò dalla parte di Carlo VIII, invitandolo a recarsi a Tivoli e a Vicovaro e promettendogli soldati contro il papa, a Tivoli ricominciarono le lotte civili;

la diplomazia di Alessandro VI scongiurò il pericolo di Carlo VIII incontrandolo a Roma accompagnato da pochi soldati e evitando danni gravi. Per ordine del papa poi i tiburtini nel 1496 invasero i feudi del traditore Virginio Orsini appropriandosi di un grande bottino mentre i Teobaldi, i Fornari, i Moroni, esiliati dal pontefice si davano da fare per rientrare in Tivoli. Penetrati infine in città si verificarono cruenti combattimenti tra i partiti dei Colonna e degli Orsini uccidendo persino i bambini. Dalla strage scamparono solo alcuni membri dei Teobaldi e dei Leonini mentre tutti i Fornari (meno un infante) morirono.
L'anno successivo nel 1497 ci fu una battaglia tra Colonnesi ed Orsini nella pianura tiburtina vicino al Casal Battista ed il fosso dei Prati; vinsero i Colonnesi ma, secondo lo storico annalista Zappi, ci furono 4000 morti. Secondo l'altro storico A.Del Re, temendo che il papa Alessandro VI li attaccasse una volta indeboliti, le due fazioni fecero la pace "presso il ponte dell'Acquoria nel giardino di un certo Pietro Mattei, ragguardevole cittadino di Tivoli".