Oltre ad una lapide sul pavimento in cui si ricordava come S.Alessandro Papa fosse il protettore della città già ai tempi dell'imperatore Eraclio (575-641), erano presenti diversi sepolcri fra i quali quello dedicato alla famiglia Nicodemi. L'altare maggiore era dedicato alla Beata Vergine del Carmine, raffigurata in un dipinto ad olio che veniva portato in processione una volta l'anno una domenica di luglio.
Dietro l'altare maggiore vi era un'iscrizione in cui si leggeva "Hic requiescit Zoticus martyr". Il Corcchiante riporta anche la notizia di come, essendo incerta in realtà la presenza dei resti di questo martire (S.Getulio Zotico, marito di S.Sinforosa), il Vescovo Fonseca, il 19 ottobre 1724, alla presenza del suo Vicario, di vari canonici e di diversi laici fra cui Mario Crescimbeni (che entrò nel loculo) fece aprire la lapide. Fu trovata una nuova lapide: anche in questa era scrito "Hic requescit Zoticu Mar". Fu sollevata anche la seconda lapide e fu trovata una cassetta di traverrtino in cui erano custoditi i resti del Santo ad eccezione della testa che risultava ad altri storici
come il Cardoli essere stata donata dai Canonici della Collegiata ai Padri della Compagnia di Gesù per collocarla nella Chiesa di S.Sinforofa (o del Gesù).
La cripta
Vi erano inoltre altri tre altari minori. Il primo era dedicato a S.Maria degli Orti la cui immagine era riportata all'interno di un tabernacolo di marmo. Il secondo a S.Pietro Apostolo raffigurato da una statua posta all'interno di una cappella dipinta con grotteschi. Il terzo era dedicato a S.Maria Maddalena dei Pazzi.
Anche la cripta presentava affreschi sulle pareti rappresentanti il Salvatore affiancato da S.Giovanni Evangelista e S.Pietro, i simboli dei quattro Evangelisti, altre figure di Santi. Qui vi era un altare dedicato a S.Giovanni Evangelista così come lo storico evince da una scritta "In nomine Domini Amne: Facta est consecratio huius Altaris ad honorem B. Joannis Apostoli, Evangelistae Menfe Vovembris Die XI".
