La pose quindi alle sue dirette dipendenze e, intenzionato a portare avanti anche lui una politica nepotista, concesse agli Orsini (a cui apparteneva) molti territori tra cui la stessa Vicovaro. Anche il suo successore Innocenzo III riconfermò a S.Cosimato il ruolo di Abbazia autonoma (1213) che venne ristrutturata.
Ma tale autonomia, come tutte le belle cose, non ebbe lunga durata in quanto fu presto annesso all’Abbazia di San Sebastiano alle Catacombe di Roma gestita dal 1167 dai monaci cistercensi dimoranti presso l’Abbazia di S.Sebastiano. Tale decisione fu motivata dal fatto che quest’ultima era in condizioni precarie e poco igieniche essendo il territorio esposto alla malaria; nel convento vicovarese quindi potevano trovare posto per periodi più o meno lunghi i monaci cistercensi che, lasciando il S.Sebastiano, qui si ritemprava.
Stretto fu il legame di collaborazione che si stabilì tra gli Orsini, signori di Vicovaro, ed i cistercensi tanto che alcuni monaci parteciparono alla stesura degli Statuti comunali (uno dei primi in Italia) concessi ai vicovaresi dai loro potenti principi, che nel corso del Duecento e del Trecento nei loro testamenti riconobbero molti lasciti in favore del convento di S.Cosimato.
Quando poi si verificò la cattività babilonese (ovvero l’abbandono della sede pontificia di Roma per quella di Avignone) che durò circa settant’anni e scoppiò lo Scisma d’Occidente, anche S.Cosimato conobbe un periodo di travaglio e fu concesso agli Ambrosiani, ovvero i frati di S.Ambrogio di Milano (in origine eremiti che vivevano nei boschi intorno a Milano e poi dal papa Gregorio XI sottoposti alla regola di S.Agostino). Prima di ricevere S.Cosimato nel 1435, gli Ambrosiani avevano ricevuto il monastero di S.Giorgio a Rifreddo nel 1398 e quello di S.Clemente a Roma ai primi del XV sec. Il convento vicovarese fece da sfondo ad un evento d’eccezione: il pontefice Martino V (membro della potente famiglia dei Colonna) incontrò a Vicovaro, conclusosi lo Scisma d’Occidente, Alfonso, re di Aragona. L’incontro fu funestato da un tragico evento: mentre nel castello Orsini era stato ospitato il Santo Padre ed il suo seguito, il card. Fonseca aveva trovato alloggio presso il predetto convento. Qui, a seguito di una caduta per le scale, morì; il re d’Aragona appena ripartito da Vicovaro fu subito informato della cosa. Il papa Pio II visitò nel 1461, come ricorda nei suoi “Commentarii”, Vicovaro e San Cosimato, che ad opera degli Ambrosiani era sottoposto ad una lunga ed attenta ristrutturazione finalizzata a fare in modo che l’edificio medievale divenisse una chiesa ampia e più idonea alle mutate esigenze. Furono così realizzati il portico e le cappelle, si fecero abbellimenti architettonici e pitture.