Sotto costoro S.Cosimato fu di nuovo ristrutturato ed abbellito con dipinti del vicovarese A.Rosati, fu realizzato l’attuale altare maggiore sovrastato dal Crocefisso ligneo ancora presente. Si arrivò così al 1808, anno in cui secondo i dettami napoleonici il convento fu soppresso; per evitare che fosse incamerato nei beni statali, nel 1812 fu acquistato (fittiziamente) dal Procuratore della comunità francescana e Revisore dei Conti, Giuseppe Maria Tizzoni. Così nel 1814 i Religiosi tornarono a S.Cosimato. Con l’avvento dell’unità d’Italia tutti i conventi furono soppressi; S.Cosimato passò al Fondo per il Culto.
Nel 1877 quest’ultimo lo cedette al Comune di Vicovaro, che ne utilizzò i locali in parte come ospedale, quindi come luogo di isolamento per malati portatori di morbi contagiosi, in ultimo come Comando del non lontano campo di prigionia. Solo nel 1925 l’Ammnistrazione vicovarese lo affittò per ventinove anni ai frati affinché riaprissero al pubblico la chiesa del complesso e vi officiassero regolarmente.
Nel 1933 si corse il rischio che la chiesa dovesse essere chiusa perché danneggiata da tutta una serie di situazioni (il terremoto del 1915 che distrusse Avezzano in Abruzzo ma provocò anche molti crolli nei centri dell’Italia centrale; le mine fatte brillare per permettere la costruzione della vicina galleria sulla linea ferroviaria Roma-Sulmona; ed infine quelle adoperate nella zona sottostante la rupe di S.Cosimato per edificare la diga destinata a convogliare l’Aniene nelle turbine per produrre energia elettrica). Fu nel 1935 che il complesso di S.Cosimato fu ceduto dall’Amministrazione vicovarese alla Provincia francescana dell’Aracoeli, che ne entrò in possesso nel 1936 come ricorda una lapide commemorativa locale. Si iniziarono così nuovi lavori di restauro che furono poi continuati negli anni Cinquanta, Sessanta e Settanta.