La seconda cappella è invece dedicata all’Immacolata mentre in passato fu consacrata a S.Francesco (era rappresentato in una statua lignea nell’atto di ricevere le stimmate) ed in seguito al Crocefisso. Vi si accede tramite un bel portale in marmo bianco; da notare gli stipiti quattro-cinquecenteschi realizzati secondo lo stile lombardo. Nel 1747 la cappella fu consacrata all’Immacolata, che la riproduceva in una tela posta sull’altare ed andata perduta. Attualmente al suo posto è posizionato un mosaico recante le fattezze dell Madonna di Lourdes. Continuando la visita, si incontra sempre sulla sinistra la terza cappella detta “del Trittico” (un tempo consacrata alla Vergine ed ai Santi); bella la volta a crociera. Attrae l’attenzione sull’altare un’edicola tripartita del 1868 e voluta da papa Pio IX, l’ultimo papa-re. Tale edicola in passato custodiva tre tele del pittore fra Pietro da Copenghen; quella di destra è stata rubata. Esse recavano dipinti: S.Francesco (al centro), S.Caterina di Alessandria (a destra, rubata), S. Leonardo da Porto Maurizio a sinistra.
Le ripartizioni sono in marmo di riutilizzo. L’opera è chiaramente riadattata in quanto ad un esame più attento mostra chiaramente che in origine era un monumento quattro-cinquecentesco (sepolcro o altare) situato in un’altra parte della chiesa e poi riassemblato qui. La quarta cappella è dedicata a S.Antonio da Padova (in passato alle Vergini e Martiri);
i Quattro Dottori della Chiesa occidentale ed i simboli degli Evangelisti spiccano sul fondo rosso porpora della cappella, la cui volta è a “padiglione” con le vele separate da una decorazione a candelabro. Nelle quattro vele sono riprodotti: S.Gregorio, S.Agostino, S.Ambrogio, S.Girolamo; i quattro simboli che li affiancano sono: l’aquila, il leone, il vitello, l’angelo. Dalle tre lunette (su ciascun lato) si sporgono le Vergini ed i Martiri. La statua moderna di S.Antonio da Padova è collocata sull’altare in una nicchia.Gli affreschi della cappella sono di scuola umbro-locale e sono databili alla fine del Quattrocento. Infine l’ultima cappella (la quinta) è detta della Santa Croce. E’ quattrocentesca, in stile gotico-cistercense; vi si accede tramite un arco ad ogiva (a destra è S.Antonio Abate, a sinistra S.Apollonia). Da notare la volta con le vele che recano dipinti i quattro Evangelisti e relativi simboli. La cappella in passato era un luogo di sepoltura. Sulla parete di sinistra è raffigurata la scena del “ritrovamento della Vera Croce”; nella parete di fondo invece è dipinto il miracolo della Vera Croce. Infine sulla parete di destra l’artista ha ritratto la scena della Crocefissione. Due sono gli autori dei dipinti come si può appurare da un diverso stile che li caratterizza.