La villa divenne poi di proprietà della gens Flavia finché l’ultimo imperatore della dinastia Flavia, Domiziano, nel tentativo di arginare il diffondersi del cristianesimo, perseguitò S. Flavia Domitilla e suo marito Flavio Clemente. Si ha menzione delle vicende della villa fino all’imperatore Settimio Severo. Sembra che due fossero i terrazzamenti della villa; su quello superiore sorse il primitivo insediamento di Frascati.
Rovine dell'antica Tusculum
Il luogo, dove attualmente è ubicata Piazza S. Pietro, era un importante nodo stradale; qui infatti si incrociavano le strade che da Roma raggiungevano la vicina città di Tusculum, la via Labicana, la via Albana per cui probabilmente erano stati costruiti importanti edifici pubblici di cui si sono perse le tracce e ciò ha fatto sì che le vicende, legate al periodo romano, rimangano oscure. Tusculum era stato fondato, secondo la tradizione, da Telegono, figlio di Ulisse e di Circe, in cima ai Colli Albani.
Stretta é per alcuni la relazione tra il nome Tusculum e gli Etruschi, ovvero i Tusci. Dopo la battaglia del lago Regillo, Tusculum si unì con i Romani, divenne municipio e vide l’edificazione nelle sue vicinanze di splendide ville tra cui ricordiamo quella di Cicerone. A Tusculum nacque Catone il Censore.
