La lapide in questione secondo lo storico Antonio del Re fu poi collocata, ma se ne ignorano le vicende, nella chiesa di S.Angelo in Valle Arcese o vero in Valle di Fiaccia (ce ne dà notizia in un suo manoscritto del 1611) sulla cima del monte su cui sorgeva il tempio; successivamente da questa chiesa ormai decadente fu portata nel XVII sec. nel castello baronale di S.Gregorio. Nell'alto Medioevo infatti sulle rovine del tempio era stata edificata una chiesa con un annesso monastero, databile alla fine del VI sec. con il nome di S.Pamphilo. Prese il nome di S.Arcangelo o S.Angelo nel IX sec. allorché verso l'844-847 il papa Sergio II la ristrutturò completamente. Nel monastero presero dimora i monaci benedettini del vicino complesso di Subiaco, in seguito sostituiti dai Cistercensi.
Resti del santuario
Per
volere di Papa Bonifacio VIII nel 1302 fu assegnata e
annessa al convento di S.Maria di Palazzolo, vicino Albano;
nel 1320 passò poi per volere di Giovanni XXII al monastero
di S.Lorenzo in Panisperna a Roma.
Sotto
quest'ultima gestione nel territorio dell'ex tempio della
dea Bona sorse un piccolo castello ubicato in un punto
strategico: Passo dello Stonio, che oggi separa il territorio
del comune di Tivoli da quello di S.Gregorio da Sassola.
Nell'antichità esso invece permetteva di passare, evitando Tivoli, direttamente dalla via Empolitana alla pianura romana (durante le lotte che Tivoli aveva condotto nel V-IV sec. contro gli Equi prima e nel 219-201 contro Annibale, l'importanza strategica del luogo aveva indotto Tibur a fortificare la sommità del Colle dello Stonio creando un castrum). Questo castello ancor oggi detto "castellaccio" nel 1402 divenne di proprietà degli Orsini. Il papa Pio II Piccolomini, che nei mesi estivi risiedeva stabilmente a Tivoli, ed era stato l'artefice della costruzione della Rocca Pia, il 7 settembre 1461 insieme all'umanista e storico Biondo Flavio visitò la chiesa ed il monastero di S.Arcese allora di nuovo in rovina ma ancora molto bella e dedicata a S.Caterina. Si sviluppò tra il 1461 ed il 1570 un incendio che distrusse molte piante del territorio e causò gravi danni al monastero ed alla chiesa di S.Caterina. Da qui l'appellativo di "arsiccio" riferito al monte mentre la chiesa ristrutturata fu denominata S.Maria di monte Arsiccio in onore della Madonna, il cui culto tanto diffuso dal XV sec. in poi aveva portato all'edificazione nella zona di altri luoghi di culto dedicati a Maria. Nel XVII sec. monastero e chiesa furono definitivamente abbandonati.
