Nel 1266 il legato testamentario, cardinal Matteo Rubeo Orsini, comprò per 13.000 provisini d'oro il castrum Marini et turrim cum ipsius tenimentum suo dando inizio alla signorìa degli Orsini su Marino che fu assediato inutilmente nel 1267 dal ghibellino senator romanus Arrigo di Castiglia in quanto nel castello marinese erano asserragliati i guelfi Orsini.
Cinque anni dopo, nel 1272 San Bonaventura da Bagnoregio, cardinale vescovo di Albano, si recò presso il Santuario dell'Acquasanta di Marino. Qui una leggenda vuole che avesse una visione che lo incitò a creare la Confraternita del Gonfalone di Marino (è una delle più antiche d'Italia). Più di un secolo dopo, nel novembre del 1347, il castello di Marino fu assediato dal tribuno Cola di Rienzo (in lotta contro le famiglie baronali romane) poiché vi si erano rifugiati Rainaldo e Giordano Orsini. Ancora una volta il castello non fu preso e Cola, per ripicca, devastò le campagne circostanti e distrusse il castello rurale di Castelluccia.
Trascorsi cinquant'anni da questo tragico evento ne avvenne un altro: il 29 aprile 1379, durante lo Scisma d'Occidente (1378-1417), fu combattuta la battaglia di Marino tra le milizie italiane fedeli a papa Urbano VI (agli ordini del capitano di ventura Alberico da Barbiano) e le milizie francesi fedeli all'antipapa Clemente VII (con a capo il conte di Montoje). Vinsero
gli italiani per cui Giordano Orsini, fedele alla causa dell'Antipapa, fu cacciato dal feudo di Marino da suo figlio, Giacomo Orsini, fedele a Urbano VI.
Tratto delle mura bramantesche in largo G.Oberdan
La lotta intestina tra padre e figlio comportò un lungo periodo di anarchia nel governo marinese: Giacomo Orsini, al potere a Marino dal 1379 al 1385, fu poi spodestato dal cugino Onorato Caetani, che governò dal 1385 al 1399.
Il feudo poi divenne di proprietà della Camera Apostolica, direttamente sottoposto al governo pontificio attraverso la gestione di un castellano ma nel 1405 Giacomo Orsini tornò a conquistare il castello che mantenne fino al 1408, anno in cui il re di Napoli Ladislao I di Napoli, invadendo lo Stato Pontificio, lo conquistò e lo concesse ai suoi alleati Giordano e Niccolò Colonna. Questi lo persero subito (l'anno seguente) poiché esso rientrò in possesso della Camera Apostolica fino al 1413, anno in cui Giacomo Orsini riconquistò il castello per l'ennesima volta ma nel 1414 fu scacciato definitivamente da Cristoforo Caetani.
Finito lo Scisma d'Occidente con il Concilio di Costanza che elesse Papa Martino V (al secolo Oddone Colonna) i suoi nipoti, Giordano e Lorenzo Colonna, nel 1417 comprarono dai Caetani per 12.000 fiorini il feudo di Marino; qui venne nel 1424 papa Martino V per assistere il fratello Giordano morente. Il 1° febbraio 1427 detto pontefice promulgò la bolla Etsi Prudens; con essa divise i beni della famiglia Colonna tra i suoi tre nipoti Antonio, Odoardo e Prospero (Marino fu concessa ad Odoardo).
Nel 1431 però il Papa morì ed il suo successore, Eugenio IV, si schierò contro i Colonna ed altre famiglie baronali romane e nel 1436 inviò un esercito e il cardinal Giovanni Maria Vitelleschi per distruggere il Borghetto di Grottaferrata, Albano e Castel Savello, feudi della famiglia Savelli alleata dei Colonna. Marino fu minacciata ma non assediata mentre i Colonna, sconfitti dal Vitelleschi, videro rasa al suolo la loro roccaforte di Palestrina e Marino divenire un feudo della Camera Apostolica fino al 1448.
In quell'anno infatti il nuovo Papa Niccolò V restituì il feudo marinese ad Odoardo Colonna. Nel 1463 papa Pio II, in viaggio per i Castelli Romani, venne anche a Marino ( come attestano i Commentarii).
Nel 1482 il castello fu occupato dai soldati napoletani di Alfonso d'Aragona, duca di Calabria, che aveva invaso lo Stato Pontificio. Durante il conflitto il castello fu occupato ora dai Colonna, ora dalle truppe di papa Sisto V e ora dalle milizie napoletane; la guerra si concluse nel 1486 con la proclamazione dello statu quo ante bellum (tutto ritornava come prima della guerra). Fu allora che il capitano pontificio, Paolo Orsini, fece costruire la Rocca Orsini, complesso fortificato che successivamente diverrà l'attuale Palazzo Colonna.
Il 20 gennaio 1489 Agnese di Montefeltro, figlia di Federico da Montefeltro e fresca sposa di Fabrizio I Colonna signore di Marino, fece il suo ingresso nel castello con il suo corteo e i bagagli; qui l'anno seguente nacque la primogenita
dell'unione tra Fabrizio e Agnese: la poetessa Vittoria Colonna. Agnese di Montefeltro non si allontanò quasi mai Marino in cui fu sepolta, come lei desiderava, alla sua morte, avvenuta nel 1523. A lei si fa risalire il primo progetto per la costruzione di Palazzo Colonna.
