La situazione rimase difficile per molti anni sia quelli del primo Ottocento che quelli sotto l'impero napoleonico. Caduto questo fu nominato governatore di San Gregorio e Casape il farmacista Lanzi seguito poi da altri; il paese era però in condizioni amministrative abbastanza difficili. Per questo furono presi dei provvedimenti difficili dagli amministratori locali tra cui la soppressione della chiesa parrocchiale di San Biagio mentre permanevano le problematiche finanziarie per far funzionare la scuola elementare. Con il rientro di Pio IX a Roma nel 1850 anche San Gregorio registrò una discreta ripresa (furono fatti restauri e completamenti edilizi ed iniziarono delle trattative tra il Comune ed il duca di Ulceda, nuovo padrone, per delle questioni sospese).
Il 4 novembre del 1867 i garibaldini giunsero al convento di Santa Maria Nuova e rubarono tutto ciò che poteva loro servire imponendo poi alla popolazione sangregoriana tutta una serie provvigioni in natura ed in soldi. La presa di Roma, avvenuta nel 1870, non fu per San Gregorio traumatica. Il paese da quel momento si chiamò San Gregorio da Sassola;
fu soppressa la comunità degli Agostiniani Scalzi del convento di Santa Maria Nuova in virtù della legge del 1873. Furono costruite le strade provinciali da San Gregorio a Tivoli e da San Gregorio a Casape. Nel 1889 il castello di San Gregorio fu venduto ai principi Salvatore ed Elisabetta Brancaccio. La Regina Margherita di Savoia il 3 giugno 1899 venne in visita accolta dalla popolazione sangregoriana mentre per l'occasione furono compiuti molti lavori nel castello. Nei primi anni del XX secolo furono rinvenute importanti monete romane relative agli anni 268-54 A.C.. Nel 1981 i principi Brancaccio vendettero al Comune la villa Brancaccio (divenuta oggi un parco pubblico) e nel 1989 il castello.
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