Capranica Prenestina fu fondata probabilmente nel 730 d.C. dalle popolazioni in fuga dalla Civitas Praenestina, devastata dai Longobardi durante le loro invasioni che divisero l'Italia in due blocchi: la Romania (sotto i Bizantini) e la Langobardia (sotto i Longobardi). Per altri invece il nucleo originario, da cui poi si sviluppò Capranica Prenestina, sarebbe databile alla fine del IX sec. d.C. Per volontà di papa Onorio II (al secolo Lamberto da Fagnano; fu lui, ricoprendo l'incarico di consigliere di papa Callisto II, a negoziare il concordato di Worms nel 1122) il paese divenne nel XII sec. feudo dei Colonna che detenevano una ricchezza immobile enorme ed avevano un potere illimitato. Proprio per meglio gestire tale immenso insieme di feudi, si giunse a spartirlo tra i membri di questa nobile famiglia. Capranica Prenestina, come attesta un documento datato 7 febbraio 1252, fu data ad Oddone Colonna. Poi scoppiarono le contese tra la Santa Sede ed i Colonna, prima al tempo di Benedetto XII e quindi soprattutto con l'elezione pontificia di Bonifacio VIII (Benedetto Caetani sul trono di Pietro dal 1294 al 1299).
Costui era un papa molto teocratico che per nulla al mondo voleva rinunciare ad affermare la superiorità della Chiesa sull'Impero e quindi mirava a riprendersi i propri possedimenti. La situazione peggiorò tra i Colonna, gelosi per l'ascesa dei Caetani, ed il pontefice. Bonifacio così dichiarò non più valida la concessione di Preneste con territori annessi ai Colonna; da parte loro quest'ultimi non accettarono l'imposizione e risposero con altrettanta alterigia dichiarando che Bonifacio VIII, eletto dopo che Celestino V aveva rinunciato ad essere papa, aveva "comprato" la sua elezione.
Il pontefice, che Dante colloca nella "Divina Commedia" tra i simoniaci nell'Inferno, ordinò nel 1298 di distruggere i feudi dei Colonna: Colonna, Zagarolo, Palestrina decidendo di risparmiare in parte Castel S.Pietro nella cui Rocca fu imprigionato Iacopone da Todi, schieratosi a fianco dei Colonna e contro il pontefice. La lotta terminò con la distruzione della loro roccaforte di Palestrina e così si concluse la crociata indetta dal papa per sterminare i Colonna. Anche Capranica Prenestina, essendo un loro feudo, subì le conseguenze dei descritti attriti.
Fu Martino V (al secolo Oddone Colonna), eletto papa nel 1417, a tentare di mettere un freno alla corruzione della curia pur continuando egli stesso a praticare il nepotismo. Fu lui a nominare cardinale Domenico Capranica, un membro della casata che prese il nome dal paese. Alla fine del XV sec. sul trono di Pietro salì un altro pontefice certamente autoritario : Alessandro VI, al secolo Rodrigo Borgia. Costui eletto cardinale nel 1456, fu eletto papa nel 1492 con l'appoggio degli Sforza ma non smise la vita sregolata (era padre di Cesare e Lucrezia Borgia), fu lui a lanciare la scomunica contro il Savonarola (1497). Capranica così divenne dei Borgia.
Quando Giuliano della Rovere fu eletto pontefice nel 1503 col nome di Giulio II (fu lui a dare a Michelangelo l'incarico di affrescare la Cappella Sistina a Roma) Capranica tornò in mano ai Colonna anche se per poco tempo giacché nel 1563 il feudo fu messo in vendita ed acquistato da un'altra potente e nobile famiglia: i Massimo. Quest'ultimi non lo possedettero a lungo ma lo ripassarono ai Capranica. Nel XVII sec., e per la precisione nel 1654, il fratello dell'allora pontefice Urbano VIII (al secolo Maffeo Barberini, grande mecenate e nepotista), Carlo Barberini, ne divenne proprietario. A cominciare però dal XVIII sec. e sempre più nel corso dell'Ottocento, Capranica, penalizzata dalla sua posizione geografica montana e lontana da importanti vie di comunicazione, iniziò ad avvertire i segni di un progressivo abbandono; l'inversione di rotta si è avuta nel XX sec. grazie all'attività della Pro loco di locali associati.
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