Avanzando un'ipotesi si tende a credere che l'altare della prima e più ampia chiesa si trovasse proprio al centro di tale arco. Giacché nel XIII sec. il monachesimo prendeva sempre più piede e nascevano nuovi ordini religiosi (francescani, domenicani, trinitari ecc.) molti conventi passarono dalla gestione benedettina a quella dei subentrati ordini nuovi. Nel monastero di San Pastore il numero di monaci diminuì di molto e poiché la prima vecchia grande chiesa era divenuta troppo dispersiva, si pensò, ricostruendola, di rimpicciolirla riducendola al transetto.
Nella Cappella sono tuttora conservati degli affreschi gotici, di derivazione senese, in parte un po' rovinati. Nell'abside troviamo la raffigurazione del Cristo docente che reca in mano un libro su cui è riportata un'iscrizione gotica: "Ego sum (Lux) Mundi Via Veritas et Vita". Sotto il Salvatore si legge: "Venite b(e)nedicti (patri mei) ". L'affresco è databile ad un'epoca successiva al Mille. Al di sotto di Lui troviamo al centro la splendida raffigurazione di un presbitero avvolto in una pianeta rossa (si ipotizza essere San Pastore o Sant' Erma o San Benedetto). Ai lati di detta figura centrale sono visibili due figure: una femminile, che porta in mano una lampada posta a sinistra (identificabile in Santa Tecla o in Santa Lucia), e una maschile sulla destra. E' quest'ultima una sinopia in cui è individuabile forse San Giovanni Battista.
Sala Capitolare
Nella pittura murale detta "a fresco", il disegno preparatorio che si fa sull'intonaco grezzo del muro, detto "arriccio" si chiama appunto sinopia. Il disegno sull'arriccio è eseguito, generalmente, a pennello con un colore rossastro (ocra rossa). in antico detto sinopis perché proveniva dalla città di Sinope sul Mar Nero.
Uno studio accurato di quest'ultimi affreschi ha permesso di individuare una loro stretta connessione sia per l'identico stile sia per il medesimo periodo temporale con un altro dipinto del 1380, l'Annunciazione, ubicato presso l'Ospedale San Giovanni Evangelista di Tivoli- padiglione Arnaldi. Riprendendo il discorso, prima iniziato, inerente i cambiamenti apportati al convento, si deve anche dire che inoltre fu utilizzata la navata per farne un refettorio che ben rispondeva all'esigenza di avere a disposizione un ambiente molto spazioso ove si potessero incontrare e rifocillare sia i monaci che gli addetti laici occupati nel lavoro dei campi del monastero.
Fu poi costruita, utilizzando come basamento i più volte citati ruderi della villa romana, una grande sala (la Sala Capitolare), bella e austera nel suo stile essenziale in cui fa bella mostra di sé un grande arco a sesto acuto. Nella parete di fondo di detta sala si ipotizza che ci fosse un grande camino, ubicato tra le due piccole nicchie ancora in loco. Il dormitorio era situato al piano superiore. Quindi il complesso di San Pastore divenne una prepositura (ovvero una sede di parroco con particolari privilegi) o una grancia (vale a dire un convento con podere annesso). Nel XV secolo il complesso di San Pastore fu incendiato e distrutto. Sul predetto arco acuto della Sala Capitolare sono ancora visibili le tracce delle fiamme. Ciò si verificò, come alcune fonti scritte attestano, durante la battaglia detta di "Vazzolo" del 1437 scoppiata per l'eterna rivalità tra gli Orsini e i Colonna.
Dopo l'incendio i ruderi del complesso di San Pastore e le sue terre divennero di proprietà delle monache Clarisse di San Michele che pensarono solo a coltivare le terre. Nei secoli seguenti i rovi ricoprirono il suddetto territorio ormai frequentato solo per via della caccia e per l'agricoltura. Quindi il tutto passò di proprietà alla famiglia Coccanari che poi la vendette al sig. Vincenzo Danieli, passando infine alla famiglia Foresi. Attualmente tutto il complesso di San Pastore è di proprietà privata ma è possibile visitarlo.
