In questa cappella a lungo fu conservata e venerata dai fedeli la pietra macchiata dal vino avvelenato caduto dalla coppa andata in frantumi dopo che S.Benedetto tracciò su di essa il segno della croce. Sulle pareti laterali spiccano due grandi affreschi: su quello situato a sinistra è raffigurato il Poverello di Assisi, S.Francesco, nell’episodio notissimo che lo vede protagonista presso il Sultano nel tentativo di farlo convertire. Nella parete di destra invece l’artista ha affrescato il tentato avvelenamento compiuto dai monaci ai danni di S.Benedetto. Bella l’abside anche se di piccole dimensioni; al centro è collocata la Vergine, regina degli Angeli, assisa sul trono e circondata dagli Arcangeli più famosi: Gabriele, posto alla Sua destra, appare con la dalmatica di diacono mentre al lato è dipinta un orante in preghiera.
Alla sinistra della Madonna invece l’artista ha posto l’arcangelo Raffaele che indossa il bordone da pellegrino che percorreva la Romea (la strada che conduceva a Roma i fedeli) e vicino a lui l’arcangelo Michele naturalmente rappresentato con la consueta corazza indosso. Da notare inoltre le decorazioni che delimitano l’abside le quali ritraggono i simboli che esaltano la Madre di Dio: la Rosa Mistica ecc.
La centina dell’arco dell’abside ha su un lato due pappagalli mentre sull’altro reca l’immagine della Colomba dello Spirito Santo. Al di sopra dell’arco absidale la parete presenta tre dipinti del Rosati: a destra il Poverello d’Assisi che riceve le stimmate, a sinistra S.Francesco che nel monastero sublacense del Sacro Speco innesta le rose su un roveto, al centro la Trasfigurazione (una palese imitazione della più celebre di Raffaello). Dietro l’altare sono situati affreschi tesi ad esaltare l’orine francescano ed i suoi più alti esponenti: S. Antonio da Padova, S.Bernardino da Siena, S.Francesco, S.Chiara ecc.
Da notare, lasciata la cappella dedicata a S.Michele Arcangelo e proseguendo la visita, i resti della scalinata addossata alla parete della rupe; tramite questi gradini in passato gli eremiti che vivevano nelle grotte e poi i frati raggiungevano il sottostante Aniene per approvvigionarsi di acqua e per lavarvi il misero vestiario. La scalinata è detta “Scala dei frati”.