I Prenestini erano in passato coperti da estesi boschi che occupavano circa un terzo del territorio. L'uomo insensatamente durante i secoli ha operato massicci disboscamenti sia per rifornirsi di legname sia per trasformare le aree boschive in pascoli e in terre agricole. Tale folle disboscamento però non ha comportato i risultati sperati ma invece si è rivelato catastrofico giacchè ha favorito l'erosione delle acque meteoriche sul suolo non più coprotetto dalla vegetazione. E' pur vero che da un po' di tempo, non essendo l'agricoltura più molto praticata come avveniva in passato, le terre incolte a poco a poco tornano ad essere retaggio della macchia alta che si estende sino a 850/ 950 m s.l.m. (la prima quota si riferisce alle aree orientali, la seconda a quelle occidentali).
A caratterizzarla sono le presenze del Prugnolo, del Mirto, dell'Erica, dell'Albero di Giuda, del Biancospino, della Rosa Canina. Nel bosco misto, una peculiare caratteristica dei Prenestini così come in altri Monti Appenninici, troviamo invece esemplari di Acero, Roverella, Sambuco, Cerro, Olmo, Carpino Nero, Melo e Pero selvatico. Né mancano le Faggete (tipiche delle aree intorno alla Mentorella) anche se piuttosto ridotte di numero dopo il predetto insensato scempio compiuto dall'uomo; ammalati invece i Castagneti che un tempo costituivano un'importante fonte di sostentamento e di rendita per le popolazioni locali.
Il cinghiale, la donnola, la volpe, la faina, la lepre, l'istrice, la martora, il ghiro, il riccio, il tasso sono gli animali tipici dell'habitat prenestino. A questi vanno aggiunti: lo scoiattolo e molti uccelli tra cui ricordiamo in particolare il gufo, il gheppio, il barbagianni.
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