Un altro momento drammatico fu nel 1047 la distruzione di buona parte della Rocca ad opera di Enrico III con i suoi soldati. Ricostruita la parte distrutta (e munita di una torre pentagonale allo scopo di creare una contrafforte), intorno alla Rocca iniziarono ad essere edificate delle case seguendo, come nel caso di Palombara, una struttura a spirale meglio rispondente a motivi di difendibilità in caso di attacco. Si andava così consolidando anche qui una consuetudine diffusa anche altrove: un mutuo scambio di diritti e doveri tra il signore ed il popolo. Il primo esercitava i poteri feudali mentre il secondo riceveva protezione in caso di pericolo.
Quando Roma fu sconvolta dalle sommosse, che portarano alla proclamazione della Repubblica, fu proprio la Rocca ad alloggiare al sicuro tra le sue mura il pontefice Eugenio III, fuggito dall'Urbe in fretta e furia insieme ai suoi cortigiani. Era il 1145 e, per ospitare degnamente il successore di S.Pietro, fu allestita una “sala del trono” divinamente affrescata (tali opere sono andate perse in seguito ad un crollo verificatosi nel Settecento).
Fu il cardinale Giovanni Colonna, in urto col pontefice Gregorio IX, ad occupare nel 1240 il feudo e a realizzare vari lavori nella Rocca trasformandola in un residenziale Palazzo baronale. Fu rinforzato il maschio (adibito probabilmente a locali per la reclusione dei prigionieri), furono trealizzate le merlature e i torricelli.Le stanze, destinate agli alloggi padronali furono affrescate e decorate. L'Oratorio fu completamente ristrutturato. Il feudo di Montecelio passò in seguito nelle mani di svariati feudatari legati al papa (Gottifredo, Colonna, Capocci). Occorre infatti ricordare che il pontefice, fino alla presa di Roma nel 1870 e quindi all'unità d'Italia, ebbe un potere illimitato detenendo sia il potere spirituale che quello temporale per cui faceva “il buono e cattivo tempo”.