Poiché i viaggi papali erano sempre più frequenti e di paro passo si allungavano i suoi soggiorni, i lavori non procedevano, secondo il cardinale Altemps, abbastanza speditamente per cui arrivò a minacciare di imprigionare gli impresari. Le spese affrontate per edificare la dimora furono di ben 40.000 scudi. Fece costruire (per le nozze del figlio) inoltre una palazzina, nota come la “Retirata”, ove intendeva ospitare il proprio figlio Roberto con la moglie, Cornelia Orsini visto che la Villa era troppo piena di gente. Per il continuo aumentare di persone che si recavano ad ossequiare il pontefice, fu necessario prendere la risoluzione di alternasi nel soggiorno a Villa Mondragone (quando c’era il papa non c’era il cardinale Altemps). Precedentemente si è detto che tale complesso è il più vasto tra quelli presenti nel Lazio; infatti comprende la Villa Vecchia, la palazzina del Longhi e la “Retirata”. Ad un certo punto però il pontefice, preso dalla necessità più urgente di controllare i lavori condotti al Palazzo del Quirinale, iniziò a diradare le visite.
Scomparso nel 1595 l’Altemps, il complesso fu ereditato dal nipote di tre anni Gian Angelo, figlio di Roberto morto nel 1586. Vista la sua tenera età, fu affidato al cardinale Pietro Aldobrandini. Anni dopo, precisamente il 29 novembre del 1613, tutte le proprietà Altemps site nel territorio tuscolano furono acquistate dal cardinale Scipione Borghese sborsando 300.000 scudi. Nel 1607 era divenuta sua anche la “Caravilla” di Annibal Caro, appartenuta al card. Galli di Como
(segretario del più volte citato papa); quindi, dopo l’avvenuta acquisizione nel ‘13 delle proprietà tuscolane Altemps, riuscì a comprare nel 1614 anche Villa Taverna confinante con il complesso. Se il card. Borghese era così ricco e potente, era anche a causa dello zio, il nuovo pontefice Paolo V (al secolo Camillo Borghese) asceso sul trono di Pietro nel 1605 ; costui desiderava una villa suburbana di molto prestigio e il complesso di Mondragone era particolarmente adatto anche se andava ancor più potenziato con l’inglobamento di ville e terreni attigui. Perfetta era poi la continuità degli stemmi delle due casate (Boncompagni e Borghese) in cui troneggiavano i draghi. Furono scelti una dozzina di architetti incaricati di dare un nuovo volto al complesso ampliandolo e consolidandolo. I lavori, iniziati nel 1616, terminarono nel 1620. Tra gli architetti che vi lavorarono occorre ricordare Flaminio Ponzo e il Vasanzio (Jan van Santen). Di quest’ultimo è la famosa Fontana dei Draghi ubicata nel piazzale, sua è la facciata meridionale della palazzina e altro che per motivi di spazio qui viene tralasciato. In pratica avvenne la trasformazione del complesso in una villa-reggia. Gli interventi del Vasanzio si ispirarono allo stile neorinascimentale, ebbero sempre presenti i dettami del Vignola e del Della Porta, attuarono una perfetta armonia tra il Palazzo e il giardino. Fu invece Carlo Rainaldi a lavorare al giardino segreto (ma anche al resto dei giardini) per tutta una buona parte del XVII sec. A Girolamo Rainaldi invece si deve la realizzazione del Portale delle Armi, il nuovo unico ingresso che dava accesso alle tre proprietà (Villa Vecchia, Mondragone, Villa Taverna). Il declino delle dimore tuscolane iniziò quando Urbano VIII fissò la residenza estiva pontificia nello splendido Palazzo di Castel Gandolfo.
Foto gentilmente concesse dall'Università degli Studi di Roma Tor Vergata alla quale la Villa appartiene dal 1981.